2020-01-01から1年間の記事一覧

Macで任意のファイルをGoogle Chromeでコマンドラインで開く方法

動機 英語で書かれた論文を読む時DeepLのChrome拡張があると便利。 Ubuntuだとgoogle-chromeで開くことができるが、macだとないらしいので~/.zshrcを編集したらどうにかなったので備忘録として書いておく。 alias chrome="open -a 'Google Chrome'" これで解…

WindowsのzipファイルをUbuntuで開くと文字化けしてしまう場合の対処法

unzip -O sjis **.zip でやってもうまく行かない場合、 unzip -Ocp932 **.zip でどうにかなる

dieselが大量のエラーを掃き出してインストールされないときの対処方

問題 dieselのチュートリアルの通りにインストールしようとした。 コマンドは cargo install diesel_cli --no-default-features --features postgres これでインストールしようとすると、大量のエラー error: linking with `cc` failed: exit code: 1 | = no…

DMPfold

DMPfoldに関しての備忘録です。 概要 距離マップの予測とモデルの生成を2ステップに行うのではなく、イテレーティブに行った。 コンタクトマップの予測ではなく、距離マップの予測を行う。 Pfam, CASP12, 膜貫通タンパク質に対して従来手法と比較し高精度に…

Rust Tips

Rustlangのtipsに関して書いていきます。 随時更新します。 完全にメモです。俺以外が見ても意味ないです。 現在、rust勉強中です。 まさかり投げないで間違ってたら優しく教えてください。 すぐに訂正いたします。 ご指摘お待ちしてます。 Json extern crat…

Rustのライフタイムについて

rustにはライフタイムという概念があります。みんなひっかかると思いますが、私も引っかかりました。。。 自分用のメモなのでわかりづらくても悪しからず。 ライフタイム ライフタイムとは、参照が有効なスコープのことです。 rustではスコープを抜けるとメ…

論文紹介 Improved protein structure prediction using potentials from deep learning

研究室でやった論文紹介のレポートをそのままコピペしました. 今回ご紹介するのはDeepMind謹製AlphaFoldです. CASPで大勝したので割と界隈では盛り上がってたんですかね? モデルの中身はよくあるネットワークです(タンパク質の構造を作るところはいままでに…

論文紹介 OCGAN:One-class Novelty Detection Using GANs with Constrained Latent Representations

この論文を選んだ理由は1つのクラスから異常検知を行えるから.またネットワークが苦手としていることを自分で探しつつ訓練をするアプローチが面白いと感じたから. この論文はCVPR 2019に採択された論文です. これドクターの学生が書いた論文なんですね, アメ…

メモ:setup.pyですべての階層を使えるようにする

メモ:setup.pyですべての階層を使えるようにする 全ディレクトリに __init__.py を設置する しないと モジュール化したときに使えるようにならない.

submoduleに対してpatchを作るのにうまく行かなくて非常にイライラした話

submoduleに対して普通に git diff > patch して patch -p1 --forward < patch したら .rejファイルが作成されてpatch当たってないやんけとなって非常にイライラしましたね ドキュメントを読むと, git diff --submodule=diff > patch git apply patch で解決…

Dockerでホスト側のファイルと同期する方法

ホスト側のファイルをDockerと動機する みなさはcudaのバージョン管理めんどくさくないですか?私はとてもめんどくさいです。とおおおてもめんどくさいです。 だからDockerに任せることにしました!! だってDockerならバージョンごとにコンテナ作ればいいじ…